中国科学院西北高原生物研究所是在中国科学院青海分院所属生物研究所、化学研究所的基础上发展起来的。1961年中共青海省委宣传部、青海省科委党组向中共青海省委报告，将原属中国科学院青海分院的生物研究所调整为中国科学院西北分院所属的研究所。

　　1962年1月，中共青海省委批复同意，正式改为中国科学院西北高原生物研究所。

　　1965年，中国科学院为加强研究力量，经第五次院常务会议通过，将中国科学院动物研究所的动物生态室和昆虫生态室共约100名研究人员迁至中国科学院西北高原生物研究所。

　　1970年，下放地方；由产业部门归口；实行双重领导，以地方为主。将中国科学院西北高原生物研究所改名为青海省革命委员会科学技术委员会生物研究所（简称青海生物所），隶属青海省科委领导。

　　1979年7月19日，中国科学院致函青海省革委会：经国务院批准，青海生物所更名为中国科学院西北高原生物研究所，受中国科学院和青海省双重领导，以中国科学院为主。